肿瘤基因测序可能误导癌症治疗

肿瘤基因测序可能误导癌症治疗
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-4/201541675007131.htm

最近，约翰霍普金斯大学的科学家们研究表明，肿瘤基因组测序所获得的遗传变化线索，如果不先与癌旁组织的遗传信息进行比较，可能会误导近一半癌症患者的治疗。相关研究结果发表在四月十六日的《科学转化医学》（Science Translational Medicine）。

约翰霍普金斯大学Kimmel癌症中心的研究人员称，他们分析了超过800名癌症患者的测序数据——由Personal Genome Diagnostics公司产生，表明如果没有这种比较，在某些情况下试图个性化癌症治疗可能是不合适的，患者可能会得到错误的靶向治疗。相关研究结果发表在四月十六日的《科学转化医学》（Science Translational Medicine）。

约翰霍普金斯大学医学院癌症生物学项目副主任、肿瘤学和病理学教授Victor Velculescu博士说：“越来越多的医院和企业都开始对患者肿瘤进行测序，试图制定个性化疗法。然而，许多机构并没有测定每名患者的正常组织，以过滤掉非癌症相关的变化，并真正了解肿瘤中发生的是什么。”

Velculescu解释说，个性化的治疗越来越多地靶定驱动一个人肿瘤的独特遗传变化，这取决于肿瘤基因的准确评估，但并不是所有的癌症基因改变与肿瘤直接相关。他解释说，一些基因改变是所谓的生殖细胞变化，它们是从正常组织中遗传的基因变化，在人与人之间有所不同.

本文共同作者、约翰霍普金斯大学医学院临床研究员Valsamo Anagnostou博士说：“我们都携带有生殖细胞基因组变异。它们是使我们各自保持独特的一部分原因。”只有通过比较一个人的肿瘤及其正常细胞的基因序列，临床医生才可以知道哪些变化更可能是癌症相关的，哪种治疗更可能有效。”

Anagnostou说，基于错误遗传信息所做出的治疗决定，可能会影响任何正接受基因组测序的病人。不准确的遗传信息可能导致不恰当的治疗，产生严重的副作用，错误的治疗也会致使有用的靶向治疗不足和病人护理成本增加。

在这项研究中，Velculescu和他的同事比较了815名癌症患者的肿瘤和正常组织基因组，包括乳腺癌、脑癌、肾癌、肺癌、胃癌、胰腺癌、血癌和黑色素瘤。

当研究人员只考虑患者肿瘤中所发现的遗传变化并过滤掉最出名的种系变化后，他们数出了382个可能的肿瘤相关变化。但在比较患者的全种系基因组与他们的肿瘤基因组之后，研究人员发现，平均而言，这些变化中有249个是病人正常组织的一部分，是遗传变异而不是肿瘤特异性变异。

Velculescu说，换句话说，仅用肿瘤基因测序所确定的基因变化有65%是假阳性，与病人的肿瘤不相关。

研究人员也着眼于“可操作的基因”变化。当他们仅在肿瘤中寻找这些变化时，他们发现每名患者平均有2.4个变化。然而，当他们将患者肿瘤基因组与生殖细胞的基因组进行比较时，他们发现，这些变化也有33%是假阳性。这些假阳性影响48%受试者。

Velculescu指出：“在仅对肿瘤进行的分析中，我们发现，有近一半的患者有肿瘤突变，实际上它们是种系突变或假阳性，它们可能会导致不恰当的治疗。”

Velculescu和他的团队承认，在临床环境中实施肿瘤和常规分析存在一定的挑战。这包括测定和分析患者的正常组织连同肿瘤组织所产生的额外工作和费用，但是Velculescu说，可以用病人的唾液、血液、活检或切除肿瘤过程中恢复的正常组织来提高效率。肿瘤基因测序的成本已经降至几千美元，如果也对正常组织进行DNA测序，成本就会增加。Velculescu还指出，健康保险也不可能完全覆盖正常组织的基因测序。正常的基因组测序还要解决病人关心的隐私问题，Velculescu说，肿瘤和正常序列的比较，目的是把生殖细胞变化用作一个过滤器，而不确定那些基因变化是什么，它们可能具有的潜在健康影响。

Velculescu表示，除了为癌症患者选择个性化治疗之外，正常组织基因组测序也会增加我们对癌症的整体认识，包括寻找生殖细胞基因组变化引起的癌症倾向。在这项研究中，生殖细胞分析在3%没有遗传相关癌症迹象的患者中，确定了癌症相关基因的变化。他说：“这些分析能帮助我们以先前并不赞赏的方式，发现癌症易感基因中的变化。”

生物通推荐原文：
S. Jones et al., “Personalized genomic analyses for cancer mutation discovery and interpretation,”  Science Translational Medicine, 7: 283ra53, 2015.

感谢分享  学习了~！

学习了，直觉上这理论是成立的。

这样个体的基因检测还能指导治疗吗？！

感谢楼主分享，学习并收藏。

感谢楼主分享！收藏了！

假阳性比例如此之高,难怪患者间靶向药的效果差异蛮大,唉!

我將您的信思息传给生物谷。

上述的意思是使用基因测序的同时要检测正常组织做对比，找出哪些是遗传性，哪些是特异性的突变，可是现实里好像基因公司没有测正常的组织的啊，如何是好。

受益良多，感谢分享！