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“重出江湖”基因——“ALK”
正常的ALK在人体中是怎么工作的？
ALK最早是在淋巴瘤中被发现，因此也得名于间变性大细胞淋巴瘤这种特殊少见的肿瘤。ALK基因编码间变性淋巴瘤激酶，与EGFR类似，位于细胞膜表面，调控细胞生长。研究发现ALK基因可能在中枢和外周神经系统的发育中起作用，主要在胚胎期活跃。当神经系统发育完善后，ALK基因通常就进入休眠状态，因此正常情况下成人的ALK基因是不表达的。然而肿瘤细胞为了让ALK基因“重出江湖”可谓绞尽脑汁72变。

1、突变与药物
ALK变异主要包括融合突变、点突变、扩增突变这几种。
1）融合突变。——鱼目混珠术
在非小细胞肺癌中，ALK重排占3%-7%，其中以EML4-ALK融合突变为主， ALK基因也可以合其他基因融合，如：KIF5B基因、TFG基因、NPM基因等。
融合突变是怎么产生的？EML4和ALK两个基因序列分别在2号染色体短臂上2p21和2p23位置，EML4基因5’端与ALK基因的3’端融合，从而形成EML4-ALK融合基因。

融合之后的怎么导致异常的？由于EML4在体内表达是活跃的，融合后的ALK作为EML4的“尾巴”，利用EML4基因的表达一起表达（搭便车）。在ALK高表达的情况下，其蛋白即使没有胞外配体的结合，也可以自己形成二聚体，然后启动自身磷酸化、激活下游信号通路、细胞疯狂地生长。
针对ALK融合，目前有克唑替尼、色瑞替尼等多个靶向药物获批上市。这些靶向药物对于有ALK融合的肺癌显示出了非常好的效果！

2）点突变。
ALK在少数情况下可能发生点突变。研究发现，在针对ALK融合阳性且使用靶向药后出现耐药的患者中，发现部分患者存在ALK点突变，是ALK-TKI耐药的原因之一。
3）扩增
ALK基因在少数情况下也可能发生扩增，与EGFR扩增类似，通过增加“订单系统”来增加“产量”，激活下游信号通路，刺激细胞生长。

2、ALK基因检测方法
临床所说的ALK阳性主要指ALK融合突变，常用方法为ALK融合蛋白IHC检测、ALK融合突变RT-PCR检测、FISH检测。
1）ALK融合基因的检测方法之FISH
FDA批准的ALK融合基因突变的临床检测方法有3种，包括RT-PCR，FISH和IHC，截止目前，FISH法检测ALK融合基因的方法还是临床上检测ALK融合基因突变的金标准。FISH方法的检测原理是在ALK基因的3’端，设计红色的荧光探针，在ALK基因的5’端，设计绿色的荧光探针，然后对肿瘤样本做FISH荧光探针杂交检测。如果检测的结果中，红色光点和绿色光点连在一起，将显示黄色光点（如左图），同时说明ALK基因没有断裂，也就是ALK基因没有发生融合突变，反之，如果红色光点与绿色光点是分离的2个光点（如右图），那么就说明ALK基因发生了断裂，也就是ALK基因存在融合突变。


2）ALK融合基因检测方法之RT-PCR（多重逆转录聚合酶链反应）
RT-PCR法也是临床上使用的检测方法。其原理是先把肿瘤组织中的RNA逆转录成单链cDNA，然后再用针对融合基因的PCR探针进行实时荧光定量PCR扩增。如果荧光定量PCR能探测到荧光，就说明有ALK基因融合突变，如果不能探测到荧光，则说明样本中没有ALK基因融合突变，或突变比例很低，低于试剂盒的检测灵敏极限。

因为它能精确识别5’端的融合伙伴基因，所以RT-PCR具有高度特异性且假阳性率很低。但是存在假阴性，因为RT-PCR对RNA样本质量要求比较高，如果RNA存在降解，检测的灵敏度将会受影响， 比如：存档的石蜡包埋标本中很少有高质量的mRNA。
3）ALK基因的检测方法之NGS
二代测序，由于其原理是检测基因的整体情况，因此既可检测融合突变，又可准确识别点突变、拷贝数扩增。此外，还适用于各种样本类型，组织、血液、胸水、石蜡切片都不在话下。
下面以融合为例，解释二代测序检测ALK融合的检测原理：

咨询治疗方案

十二指肠腺癌，无法根治性手术，确诊已经一年，目前肠梗阻

吉因加咨询 发表于 2016-12-1 10:36
“重出江湖”基因——“ALK”
正常的ALK在人体中是怎么工作的？
ALK最早是在淋巴瘤中被发现，因此也得名 ...

融合基因之二——ROS1
ROS1基因编码一种酪氨酸激酶受体，与细胞的生长、增殖、分化和生存有关。其激酶区与ALK基因激酶区结构十分相似，并且也会发生融合突变，可谓是ALK的同胞兄弟。可以与ROS1发生融合的基因包括SLC34A2、CD74、FIG、SDC4、TPM3等，ROS1基因激酶区的3’端与融合基因的5’端结合，导致ROS1激酶区持续激活，活化下游信号通路，不停传递生长增殖信号，使细胞向肿瘤细胞转化。
ROS1融合突变在多癌种中均有检出；在非小细胞肺癌中，1%-2%的患者会有ROS1融合突变，且一般不会与ALK融合同时出现。克唑替尼可以抑制ALK、ROS1和MET激酶活性，已被NCCN列为ROS1融合突变阳性非小细胞肺癌的一线治疗。

ROS1融合突变的检测方法
ROS1融合突变的检测方法与ALK融合突变类似，传统方法包括FISH（荧光原位杂交技术）、RT-PCR（逆转录PCR）和IHC（免疫组化法）。FISH和RT-PCR检测原理前面已经介绍过，这里不再赘述。
免疫组化法IHC是应用抗原与抗体特异性结合的原理，通过化学反应使标记的显色剂显色来确定抗原，可以进行定位、定性及相对定量的研究。 利用ROS1单克隆抗体与ROS1蛋白的特异性结合，对ROS1融合突变阳性的细胞染色，如下图中红色的ROS1阳性肺腺癌细胞。由于临床上关于ROS1的检测资料有限，目前对免疫组化结果的判读并没有统一标准。

目前临床上对ROS1和ALK融合突变的检测仍以FISH法为金标准。IHC相对FISH法检测耗时短、成本低，一般用于筛查，IHC检测阳性或结果不确定的需要再次经FISH法验证。然而这两种检测方法需要足够的肿瘤组织，并且无法区分具体融合位点和融合基因。RT-PCR只能区分试剂盒中已包括的融合突变，很有可能无法检出少见的融合突变，并且对组织样本中mRNA质量要求高。
NGS二代测序相比传统的检测方式，可以检出ROS1具体融合位点和融合基因，同时可以检出可能导致耐药的点突变，并且对样本质量的要求比RT-PCR相对较低。

曙光_lxBly 发表于 2016-12-13 14:43
咨询治疗方案

您好！结合检测结果，可以分2步来分析方案：
1、检测结果
这次检测共涵盖59个基因，包括37个基因的所有编码区，19个基因的特定外显子，6个融合基因断点相关的内含子区以及3个基因的特定变异
检出突变个数：4
靶向药物相关突变个数：1
用药提示：检出CTNNB1基因突变，提示对塞来昔布敏感。同时，RAS（KRAS、NRAS）和BRAF均为野生型，提示对西妥昔单抗、帕尼单抗敏感。

2、结合病情的可行方案分析
十二指肠癌属于小肠癌的一种，由于非常少见，目前没有专门的NCCN指南。由于研究较少，靶向药物这块也未见有FDA批准或在临床试验期的。
晚期小肠癌有2个小型的临床试验化疗方案，因缺乏高级别的证据，专家组建议晚期小肠癌的全身治疗方案参照结肠癌方案。

病情要点可总结为4个方面
1）晚期
2）同时性不可切除的其他部位的转移灶（其他部位指肝、肺、腹腔、腹膜以外的部位）
3）身体不能耐受高强度化疗
4）KRAS、NRAS和BRAF均为野生型

根据结肠癌NCCN指南2017V1版，同时具有以上4种情况的患者，建议的方案包括：
1）静脉滴注5-Fu+亚叶酸钙，联合或不联合贝伐单抗
2）卡培他滨，联合或不联合贝伐单抗
3）西妥昔单抗、帕尼单抗（2B类证据）

其中需要引起注意的是：NCCN指南中特别提出，65岁及以上的患者使用贝伐单抗治疗后中风和动脉血管事件的危险性增加。使用贝伐单抗可能会妨碍伤口愈合。 ——需谨慎使用！

曙光_lxBly 发表于 2016-12-13 14:43
咨询治疗方案

曙光，你发的这些图片打开后放大都看不清楚啊

前面介绍了一些肺癌相关的基因检测情况。有网友提出来cMET的问题，我们打算单独做一个，正在整理材料中，预计后面再放进来分享给大家。
这周给大家分享的是肺癌年度盘点，对2016年肺癌诊疗方面的重大研究进展做了归纳。希望对大家有所帮助。大家感兴趣或有疑问的，也欢迎回帖跟我们交流。

2016年度“肺癌”重大研究盘点|一言不合，打包带走！

即将过去的2016年里，免疫治疗取得突破性进展，靶向治疗“同癌异治”和“异癌同治”的理念落地生根，肺癌治疗进入精准医疗时代。

盘点1：免疫治疗——开启肺癌治疗新“篇章”

免疫药物最新研究进展
一、Pembrolizumab (商品名Keytruda®，中文名：派姆单抗)：
2016年10月24日，pembrolizumab 成为首个批准用于PD-L1蛋白过表达的转移性非小细胞肺癌（NSCLC）的一线免疫治疗药物。

1.临床获益之：免疫治疗VS化疗
2015年，pembrolizumab 作为NSCLC二线治疗药物被批准，今年获快速批准成为一线治疗药物，是基于两项对比化疗（分别为含铂化疗组、多西他赛组）的临床试验结果，结果显示pembrolizumab 组OS（总生存期）、PFS（无进展生存期）显著改善，尤其PD-L1高表达的人群。


2.临床获益之：免疫治疗+化疗 vs 化疗
pembrolizumab 与含铂双药化疗（卡铂+培美曲塞）联合使用，作为晚期肺腺癌一线治疗药物的Ⅱ期临床试验目前正在进行，有初期试验结果公布：相比单纯化疗组，pembrolizumab 联合含铂双药化疗（卡铂+培美曲塞）作为晚期肺腺癌一线治疗，有效且耐受良好，客观反应显著。

3.临床获益之：脑转移
研究发现，脑转移患者对pembrolizumab 具有良好的耐受性和反应性。

二、Atezolizumab（商品名Tecentriq®）:
2016年10月18日，FDA批准PD-L1抗体atezolizumab用于铂类为基础的一线化疗出现进展的转移性非小细胞肺癌（NSCLC）的治疗。

三、Nivolumab（商品名Opdivo®）
2016年9月，nivolumab作为NSCLC一线治疗的首个临床试验结果表明，nivolumab单药治疗可改善生存，同时发现nivolumab联合两种含铂化疗药治疗并没有额外的临床获益，且可能会增加免疫治疗的毒副作用，nivolumab有望成为NSCLC一线治疗药物。


盘点2：靶向治疗——肺癌“精准医疗”时代到来

靶向药物最新研究进展
一、常见驱动变异
1．第1代EGFR-TKI 埃克替尼——治疗脑转移效果显著
BRAIN研究比较了携带EGFR敏感突变的脑转移NSCLC患者，使用埃克替尼相对于标准全脑放疗（WBRT）的疗效差别。结果显示埃克替尼组半数患者可保持10个月无颅内病灶进展，相对于WBRT延长5个多月。埃克替尼组6个月无颅内进展患者为72.0%，提高了24%。

2.第3代EGFR-TKI 奥希替尼——T790M突变的新希望
AURA3 III期随机对照研究证实：奥希替尼对于第一代和第二代TKI治疗后进展EGFR T790M突变的NSCLC患者，有效率达到71%，半数患者可保持10.1个月疾病无进展，相对于培美曲塞联合铂类的治疗，疾病进展风险降低约70%。
奥希替尼通过血脑屏障的能力很强，AURA3研究中有36%的入组患者合并脑转移（无临床症状），研究发现脑转移亚组的和无脑转移患者的治疗效果并无二致，证明奥希替尼对脑转移患者有效。


3.第3代EGFR-TKI 艾维替尼（Avitinib，AC0010）——我国自主知识产权的EGFR-TKI
我国具有自主知识产权的第3代EGFR抑制剂艾维替尼，治疗T790M突变的非小细胞肺癌的I/II期研究提示：在所有的124例可评估的患者中，疾病控制率达到85%，进一步的临床研究还在进行中，值得期待。

4.第4代EGFR-TKI EAI045——克服“T790M 与C797S顺式共存”导致的三代耐药
与T790M呈顺式构型的C797S是三代EGFR-TKI（吉非替尼、厄洛替尼、埃克替尼、阿法替尼、AZD9291）都耐药的常见突变。EAI045——3代EGFR-TKI耐药之后又一肺癌靶向新药，联合西妥昔单抗（Cetuximab）异位抑制，可以解决AZD9291耐药问题。不过，该研究结果基于小鼠试验，期待尽快能有患者数据！

5.EGFR-TKI老药新用——EGFR融合有望成为新靶点
EGFR–RAD51融合为肺癌中最常见的EGFR C端融合方式，可通过EGFR-TKI或EGFR单抗老药新用来治疗，EGFR融合有望成为目前已批准的EGFR-TKI的新靶点。



二、罕见驱动变异
1.克唑替尼适应症扩展——ROS1重排不再无药可用
2016年3月11日，克唑替尼适应症扩展，被批准用于ROS1阳性NSCLC患者的治疗，为肺癌中罕见驱动变异的治疗提供新选择。

  
2.色瑞替尼治疗ALK融合——长江后浪推前浪
ASCEND-4研究发现对于ALK阳性的NSCLC患者，一线治疗使用色瑞替尼组患者半数患者保持16.6月无进展，相对于化疗延长8个多月。客观缓解率色瑞替尼组为72.5%，高出化疗组近50%。对于存在脑转移的NSCLC患者，色瑞替尼治疗达到了高效、持续的系统缓解以及较高的颅内缓解。

3.艾乐替尼——新ALK抑制剂在肺癌中获批
2015年12月11日第三个ALK抑制剂艾乐替尼（Alectinib)被批准用于已经对克唑替尼发生耐药或无法耐受克唑替尼进一步治疗的ALK阳性NSCLC患者。今年的J-ALEX研究发现，艾乐替尼一线治疗ALK阳性NSCLC患者，相对于克唑替尼使疾病恶化或死亡风险降低66%，半数以上患者保持20.3个月疾病无进展。因此，艾乐替尼作为ALK阳性非小细胞肺癌一线用药获FDA突破性疗法资格。

4.RET融合——凡德他尼疗效得到确认
LURET II期临床研究表明凡德他尼（vandetanib）在治疗携带RET融合的NSCLC治疗效果显著，因此得到NCCN指南推荐，与克唑替尼相同，推荐证据等级为2A。

5.达拉菲尼跨适应症应用——效果显著
到目前为止,BRAF抑制剂达拉菲尼仅在黑色素瘤中获批。有两项研究表明，达拉菲尼（Dabrafenib）以及达拉菲尼联合曲美替尼（trametinib）对携带BRAF V600E突变的NSCLC治疗效果显著，因此得到NCCN指南推荐，证据等级为2A。

6.MET抑制剂新靶点——MET 14号外显子跳读突变
MET基因14号外显子剪切位置发生突变会引起跳读突变，但这种突变形式对MET抑制剂克唑替尼和卡博替尼依然有效。


7.卡博替尼——开辟“罕见驱动变异”新诊疗模式
卡博替尼（Cabozantinib，XL184）作为一种多靶点酪氨酸激酶抑制剂（TKI），其选择性不如单纯的RET重排抑制剂，但不失为NSCLC小众分子亚型治疗的一种努力尝试。

8.卡博替尼 ko 厄洛替尼——EGFR野生型治疗
一项Ⅱ期临床研究表明，作为EGFR野生型晚期非鳞状NSCLC的二线或三线治疗，卡博替尼单药或联合厄洛替尼相比厄洛替尼均显著改善PFS（4.3months or 4.7months vs 1.8months，p=0.0003）,基于卡博替尼的治疗方案有望为EGFR野生型肺癌患者提供治疗新选择。

9.KPT-330——KRAS突变肺癌患者的希望
XPO1抑制剂：KPT-330，通过“协同致死”效应，使KRAS突变型肿瘤缩小，解决直接靶向KRAS突变易发生耐药的困境，有望为KRAS突变型肺癌患者提供治疗新选择。


10.阿帕替尼——疗效再获肯定
阿帕替尼是我国自主研发的针对VEGFR，特别是VEGFR-2的口服小分子抗血管生成酪氨酸激酶抑制剂。今年，阿帕替尼用于多线治疗失败的晚期非鳞NSCLC患者，以及二线或三线化疗失败后广泛期小细胞肺癌患者的疗效和安全性得到了肯定，未来可能是这两类患者的较优选择。


11.安罗替尼——值得期待的多靶点抑制剂
安罗替尼也是我国具有自主知识产权的治疗晚期非小细胞肺癌的针对多靶点的靶向治疗新药，在之前开展的II期临床试验中，安罗替尼较安慰剂相比，可显著延长患者的总生存期和无进展生存时间。该药的研发为反复治疗失败的晚期非小细胞肺癌的治疗带来了新的希望，III期临床试验数据预计在2017年1月揭盲，结果值得期待。

12.靶向药物联用，克服耐药新途径
有个案报道：一例同时携带EGFR突变和MET扩增的肺腺癌患者，使用厄洛替尼疾病进展后，联合使用靶向药物同时抑制EGFR突变和MET扩增，疗效显著。


参考文献：
1.PMID:27745820. Carboplatin and pemetrexed with or without pembrolizumab for advanced, non-squamous non-small-cell lung cancer: a randomised, phase 2 cohort of the open-label KEYNOTE-021 study.
2.NCT02039674. A Study of Pembrolizumab (MK-3475) in Combination With Chemotherapy or Immunotherapy in Participants With Lung Cancer.
3.PMID:27325277. Pembrolizumab Has Activity in Patients with Brain Metastases.
4.PMID:27466254. Nivolumab May Work as First-Line NSCLC Therapy.
5.PMID:27287288 Liquid Biopsy Holds Its Own in Tumor Profiling.
6.PMID:27207895. Sequencing Detects Oncogenic Alterations in Cerebrospinal Fluid.
7.PMCID: PMC4929832. Overcoming EGFR(T790M) and EGFR(C797S) resistance with mutant-selective allosteric inhibitors.
8.PMID:26739884. Alectinib Approved for ALK+ Lung Cancer.
9.PMID:27698100. Cracking the Code of Resistance across Multiple Lines of ALK Inhibitor Therapy in Lung Cancer.
10.PMID:27432227. Molecular Mechanisms of Resistance to First- and Second-Generation ALK Inhibitors in ALK-Rearranged Lung Cancer.
11.PMID:27694386. Acquired MET D1228V Mutation and Resistance to MET Inhibition in Lung Cancer.
12.PMID:27102076. EGFR  Fusions as Novel Therapeutic Targets in Lung Cancer.
13.PMID:27881454. Cabozantinib Is Active in Patients with Advanced RET-Rearranged NSCLC.
14.PMID:27881453. Cabozantinib Is More Effective Than Erlotinib in EGFR–Wild-Type NSCLC.
15.PMID:27207893. Dabrafenib Active in Rare NSCLC Subtype.
16.PMID:27343442. Acquired Resistance to Crizotinib in NSCLC with MET Exon 14 Skipping.
17.PMID: 27825616. Vandetanib in patients with previously treated RET-rearranged advanced non-small-cell lung cancer (LURET): an open-label, multicentre phase 2 trial.

keenman 发表于 2016-12-16 09:23
曙光，你发的这些图片打开后放大都看不清楚啊

我也搞不清楚怎么回事啊，不过通了电话了，然后现在在用爱必妥